La investigación por el otorgamiento irregular de pensiones a funcionarios de la Rama Judicial tiene enfrentadas a la Contraloría y a la Comisión de Acusación de la Cámara de Representantes, por la competencia para investigar y sancionar fiscalmente a los magistrados involucrados en las presuntas irregularidades.

El enfrentamiento llevó a que el Gobierno a través del Ministerio de Justicia pidiera la intervención del Consejo de Estado para determinar si es la Contraloría o la Comisión de Acusación la que investigue y sancione a los magistrados del Consejo Superior de la Judicatura implicados en las presuntas irregularidades.
A través de una carta enviada al ministro Juan Carlos Esguerra Portocarrero, la contralora Sandra Morelli afirma que la Judicatura le ha enviado comunicaciones "amenazantes", en las que le da plazo de 48 horas para que le remita los hallazgos en el caso del carrusel de pensiones.
La Contralora defiende la tesis de que su despacho es competente para investigar las actuaciones fiscales de la Rama Judicial y sugiere que no existe fuero especial para que los magistrados no puedan ser investigados por ese organismo en casos administrativos en los que resulten comprometidos recursos públicos.
Ante esta situación, el ministro Esguerra puso el caso de la aparente colisión de competencias en manos del Consejo de Estado, que deberá resolver si la investigación por el carrusel de pensiones sigue su curso en la Contraloría o si la competencia es de la Comisión de Acusaciones de la Cámara.